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Après cela, il sera de plus en plus difficile de maintenir le contact entre la région de l’est et le reste du Nigeria. Au gouvernement central, néanmoins, Gowon, à la différence d’Ironsi, commence à s’entourer d’hommes politiques qui ont été écartés du précédent gouvernement et qui viennent pour la plupart des territoires de l’ouest ou de régions habitées par des minorités. Tous, devenus de fervents fédéralistes, exhortent Gowon à prendre des mesures sévères pour empêcher la sécession et maintenir le pouvoir au centre.
Ils ont certainement l’approbation des représentants britanniques. Ceux-ci, en effet, souhaitent préserver l’unité du Nigeria non seulement pour des motifs sentimentaux et historiques, mais plus encore pour garder les champs pétrolifères sous le contrôle du gouvernement central, car le pays fournit maintenant à la Grande-Bretagne le quart du pétrole dont elle a besoin.
Dissuader les chefs musulmans des territoires du nord de faire sécession sera relativement facile. Mais pour restaurer la confiance chez les Ibos, repliés sur eux-mêmes, traumatisés par les massacres, il faudra plus que des mots. Malgré les difficultés, des accords sont pris lors d’une réunion des chefs militaires à Ahuri, au Ghana, en janvier 1967. Mais par la suite, lorsque Gowon retournera à Lagos, ses conseillers le persuaderont d’abroger les dispositions prises à Ahuri.
A la fin du mois de mai, alors que la tension monte, Gowon déclare que le Nigeria sera divisé en douze États, dirigés par un gouvernement central puissant. Il met ainsi fin à la domination du Nord et donne satisfaction aux minorités. Le fait que les États proposés pour former la région de l’est privent les Ibos de tout contrôle sur les champs pétrolifères est significatif. Et comme on peut s’y attendre, Ojukwu, quelques jours plus tard, annonce que tous les anciens territoires de l’est font sécession et formeront un État indépendant qui prendra le nom de Biafra.
A Lagos, on pense qu’il faudra peu de chose pour ramener les Ibos au sein de la fédération et, le 7 juillet, Gowon annonce qu’une « petite action de police » va être engagée contre le Biafra.