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Contrastant avec le Congo, la guerre qui commence alors entre le Nigeria et le Biafra n’a virtuellement aucun caractère idéologique. Ce n’est qu’une lutte entre deux élites rivales pour la possession du pays — lutte dans laquelle le peuple n’est impliqué qu’en fonction des liens ethniques et culturels préexistants. C’est ce qui explique le mélange hétéroclite des appuis extérieurs que chaque camp va recevoir. En l’absence de motif idéologique, toutes sortes d’intérêts entrent en jeu. Ainsi, à plusieurs reprises, le Nigeria sera soutenu par les États-Unis, l’Union soviétique, la plupart des pays musulmans et une grande partie des Etats africains. Le Biafra, pour sa part, recevra l’aide de la France, du Vatican, du Portugal, d’un petit nombre d’États africains et de toute une gamme d’organisations religieuses et charitables.
La fonction principale de ces éléments extérieurs sera de fournir des armes et des conseils, d’informer le monde et de convaincre chaque camp qu’il peut remporter la victoire.

La guerre a tout d’abord pour objectif le contrôle des champs pétrolifères, dont une grande partie se trouve dans les territoires de l’est, occupés par des minorités ethniques, et dans les territoires des Ibos. Encore que traditionnellement hostiles aux Ibos, ces minorités, au début, soutiennent la cause d’Ojukwu parce qu’elles aussi ont souffert des massacres. Mais, par la suite, elles montreront qu’elles sont prêtes à aller du côté de ceux qui leur offriront les meilleures perspectives.

Il est évident que ces territoires ne manqueront pas d’être pris par le Nigeria vu qu’ils sont très vulnérables à une attaque par mer, que la population est parfaitement instable et que les Britanniques sont prêts à apporter un soutien massif à l’opération.
Néanmoins, ce ne sera qu’en mai 1968 que les Nigérians réussiront à s’emparer de Port Harcourt, principal port biafrais et siège de la raffinerie Shell. Entre-temps ; les troupes nigérianes ont progressé dans le Nord et pris les deux villes clés d’Enugu et d’Onitsha.

Au cours des quatre mois qui suivront, les Nigérians effectueront de nouvelles progressions depuis le nord et le sud avec l’intention bien claire de couper le Biafra en deux. En septembre 1968, la plupart des observateurs prédisent qu’il ne faudra guère plus de quelques semaines au Nigeria pour gagner la guerre car non seulement le Biafra doit maintenant être entièrement ravitaillé par air, mais encore le territoire qui lui reste est envahi de réfugiés, la plupart mourant de faim. C’est alors que le Nigeria commence à attaquer les avions qui se rendent au Biafra et à bombarder le territoire biafrais.