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Ce coup d’État a effectivement lieu dans la nuit du 14 janvier 1966. Il est organisé par un groupe de commandants de l’armée nigériane, presque tous Ibos, indignés par la corruption des politiciens et par l’adhésion de l’état-major au statu quo.
Des hommes politiques éminents et des chefs militaires sont tués, et les officiers rebelles s’emparent du pouvoir dans les trois régions. Mais, à Lagos. le coup d’État échoue. Certes, le premier ministre est tué, mais le général Johnson A. Ironsi, Ibo lui-même, s’échappe et réussit à rallier les troupes de Lagos. Lorsque Ironsi annonce qu’il prend le pouvoir central et nomme des gouverneurs militaires dans chaque région, les rebelles font leur soumission pour éviter la guerre civile.
A mesure que se répandent les nouvelles du coup d’État la joie éclate dans le pays. Même dans le Nord, il semble que bien peu regrettent le régime. Mais pour renforcer sa position, Ironsi devrait dissiper les craintes d’une partie de la population, qui voit dans le coup d’État une action ibo profitable aux seuls Ibos, et montrer sans attendre qu’il tient pour légitimes les revendications populaires. Or il ne prendra aucune mesure pour satisfaire celles-ci et ne s’entourera que de conseillers ibos.
Dès lors, il est facile aux hommes politiques déchus dé laisser entendre que les tribus du Sud vont s’emparer du pouvoir et que les populations du Nord vont perdre leurs emplois et leur liberté.
En mai, on annonce que les régions doivent être supprimées, ce qui semble confirmer ces rumeurs. Aussitôt, une foule de chômeurs, de vagabonds, de bandits, encouragés secrètement par les politiciens locaux, se mettent à massacrer et à mutiler la population ibo habitant les territoires du nord. En juillet, Ironsi et plus de deux cents officiers et soldats ibos sont à leur tour tués par des soldats du Nord au cours d’émeutes sanglantes qui ont lieu dans les régions du nord et de l’ouest.
Une fois Ironsi disparu, le colonel Yakubu Gowon, un homme du Nord mais qui appartient à une minorité ethnique et n’est pas de religion musulmane, devient commandant en chef. Il doit immédiatement faire face à trois requêtes : les populations des territoires du nord réclament la sécession ; celles des territoires de l’est veulent une fédération entre les régions existantes ; les minorités ethniques désirent la dissolution des régions.
Mais en septembre, alors que ces différentes revendications sont à l’étude, un autre massacre de la population ibo, plus terrible encore, a lieu dans le Nord. Son but est apparemment de couper définitivement les liens existant entre les territoires du nord et le reste du pays.
Ce nouveau massacre provoque l’exode immédiat de presque tous les Ibos. Quels que soient leur rang et leurs activités, ils abandonnent leurs biens et fuient vers l’est. Dans ces circonstances, le gouverneur militaire de la région, le colonel Odumegu Ojukwu, va devenir le porte-parole et le chef des Ibos. Des rumeurs sur une sécession possible de leurs territoires circulent maintenant.