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Un des grands soucis de Philippe le Bel, la grande affaire de son règne, c’est le conflit avec le Saint-Siège, le heurt avec Boniface VIII. Le premier incident éclate en 1296. Au mois de janvier, Philippe, toujours à court d’argent, obtient de l’Assemblée du clergé la levée d’un décime. Protestation du clergé, qui s’estime -lésé.
Le 24 février, le pape promulgue sa fameuse bulle Clericis laicos, qui interdit toute levée d’argent sur le clergé sans autorisation du pape et affirme que le pouvoir temporel ne demande des contributions au clergé que pour le réduire « à son pouvoir et à sa domination ». Avant même la publication de cette bulle le 18 août, Philippe le Bel, le 17 du même mois, signe une ordonnance interdisant toute sortie d’or ou d’argent du royaume.
Mesure destinée à faciliter la politique financière de dévaluation menée par le roi, mais qui gênerait considérablement la papauté. Furieux, Boniface VIII crie à la tyrannie et promulgue au mois de septembre la bulle Ineffabilis Amor.
Cependant, le conflit s’apaise, provisoirement. La bulle Romano Mater Ecclesia, en février 1297, annule la bulle Clericis laicos. Le 31 juillet, un nouveau texte, Etsi de statu, autorise le clergé à consentir la levée d’un nouveau décime. Autre preuve de bonne volonté du pape, la clôture du procès de canonisation de Louis IX, saint Louis. A la fin de 1299 cependant, lorsque Boniface propose à Philippe d’arbitrer le nouveau conflit franco-anglais, né de l’alliance du Capétien avec Albert d’Autriche, le roi répond avec superbe « que le gouvernement du royaume appartient à lui et à lui seul », et qu’il ne connaît « pas de supérieur ».

Un conflit beaucoup plus grave éclate en 1301 lorsque, au mois de juillet, Philippe fait arrêter l’évêque de Pamiers Bernard Saisset*, ami de Boniface VIII, que certains accusent d’avoir injurié le roi. Finalement accusé « d’hérésie, de trahison, de sédition et d’autres méfaits », Saisset comparaît, à Senlis, devant le roi et ses conseillers. Un mémoire, préparé par Pierre Flotte*, avertit le pape. Ce dernier, par la bulle Ausculta fili, au mois de décembre, affirme la supériorité du Saint-Siège sur tous les autres pouvoirs, convoque à Rome un concile, et critique le gouvernement intérieur de Philippe.
Fureur du roi et de son Conseil, le comte d’Artois brûle la bulle et les lettres du pape. Philippe interdit toute relation, toute correspondance avec le Saint-Siège, et convoque pour le jour des Rameaux les états du royaume, futurs états généraux. Pierre Flotte rédige, à sa manière, un résumé de la bulle qui subordonne le roi au pape. Les états, barons, prélats et représentants des villes, réunis à Notre-Dame le 10 avril 1302, affirment la supériorité temporelle du roi et interdisent aux évêques de se rendre au concile. Malgré l’interdiction, de nombreux prélats se rendent à Rome au mois de novembre.
Boniface, par la bulle Unam sanctam, affirme l’existence « de deux glaives, le spirituel et le temporel », et la supériorité du premier, affirme aussi « qu’il est absolument nécessaire à toute créature humaine d’être soumise au pontife romain pour arriver au salut ». Comme les autres chrétiens qui empêcheraient les prélats de répondre à l’appel du pape, Philippe le Bel est menacé d’excommunication. En mars 1303, le roi réunit au Louvre une nouvelle assemblée devant laquelle Nogaret réclame la déposition du pape et la convocation d’un concile général. Le conflit s’envenime, le pape semble de plus en plus décidé à excommunier Philippe, et ce dernier à le faire déposer. Nogaret obtient l’appui des Colonna, ennemis des Orsini, parents de Boniface VIII. Le 7 septembre, avec leur aide, il tente d’enlever le pape réfugié à Anagni. Le pontife mourra un mois plus tard.

Son successeur Benoît XI, homme doux et prudent, absout Philippe le Bel et ses barons pour le crime commis contre son prédécesseur, mais non Nogaret qu’il cite en mai 1304 à comparaître devant lui. Dès le mois de juillet, fort opportunément, au point que certains accusent Philippe de l’avoir fait empoisonner, Benoît XI rend l’âme. La vacance du trône papal se prolonge pendant plus d’une année. Le 14 novembre 1305 seulement, les cardinaux élisent Bertrand de Goth, archevêque de Bordeaux, qui devient pape sous le nom de Clément V. Ce dernier nomme bientôt neuf cardinaux français, à la grande fureur des Italiens, à présent minoritaires. Puis il fixe sa résidence, en 1309, à Avignon ; ce que les Italiens appellent la « captivité de Babylone » durera jusqu’en 1378. En 1311, le pontife casse toutes les décisions prises par Boniface VIII à l’encontre de Philippe le Bel. Les théories du roi, l’absolutisme royal, l’emportent définitivement sur l’idéal de Boniface, la suprématie papale.