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Même si le mécanisme gouvernemental était quasiment le même sous le Second Empire que sous le Premier Empire, ses principes fondateurs étaient différents. La fonction de l’Empire, comme Napoléon III se plaisait à le répéter, était de guider le peuple à l’intérieur vers la justice et à l’extérieur vers une paix perpétuelle. Tenant ses pouvoirs du suffrage universel masculin et ayant fréquemment, depuis sa prison ou en exil, reproché aux précédents gouvernements oligarchiques d’avoir négligé les questions sociales, il résolut de les traiter en organisant un système de gouvernement basé sur les principes des « idées napoléoniennes », c’est-à-dire celles de l’Empereur - l’élu du peuple, représentatif du peuple, de la démocratie - et de lui-même, le représentant du grand Napoléon Ier, héros de la Révolution française, et donc gardien de l’héritage révolutionnaire.

Napoléon III montra rapidement que la justice sociale ne signifiait pas la liberté. Il agit de telle sorte que les principes de 1848 qu’il avait préservé deviennent une simple façade. Il paralysa toutes les forces nationales garantes de l’esprit public, telles que le Parlement, le suffrage universel masculin (qu’il avait néanmoins rétabli en 1852 après sa suppression par le Parlement), la presse, l’éducation et les associations. Le corps législatif n’était autorisé ni à élire son président, ni à voter sur le budget en détail, ni à faire des délibérations publiques. De manière similaire, le suffrage universel masculin était supervisé et contrôlé par les candidatures officielles, par l’interdiction de l’expression libre et par des ajustements habiles des districts électoraux de façon à noyer le vote libéral dans la masse de la population rurale. La presse était assujettie à un système de cautionnement, sous forme d’argent, déposé à titre de garantie de bonne conduite, et d’avertissements, c’est-à-dire de requêtes par les autorités de cesser la publication de certains articles, sous la menace de la suspension ou de la suppression, tandis que les livres étaient sujets à la censure.

Pour contrer l’opposition des individus, une surveillance des suspects fut instituée. L’attaque de l’empereur par Felice Orsini en 1858, bien que motivée uniquement par la politique italienne, servit de prétexte aux éléments conservateur du bonapartiste pour amener une augmentation de la sévérité de ce régime avec la loi de sûreté générale , décidée par le Général Espinasse avec le soutien modéré de l’empereur , qui autorisait l’internement, l’exil ou la déportation de tout suspect sans procès. De la même manière, l’instruction publique était strictement supervisée, l’enseignement de la philosophie et de l’histoire fut supprimé au lycée et les pouvoirs disciplinaires de l’administration furent augmentés.

Pendant les sept premières années de l’Empire, la France n’eut aucune vie politique. L’empire était porté par une série de plébiscites. Jusqu’en 1857, l’opposition n’existait pas puis, jusqu’en 1860, elle était réduite à cinq membres : Louis Darimon, Émile Ollivier, Jacques Hénon, Jules Favre et Ernest Picard. Les royalistes attendaient, inactifs après la tentative infructueuse faite à Frohsdorf en 1853, par une alliance des légitimistes et des Orléanistes, de rebâtir une vie monarchiste sur les ruines de deux familles royales.