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Mais lorsque le Sonar est monté sur un sous-marin, l’angle du rayon émetteur fait un angle beaucoup plus ouvert et son trajet presque horizontal l’expose beaucoup moins à être diffusé ou réfléchi par les couches thermiques. L’efficacité des sous-marins de chasse nucléaires a suscité chez un commandant de ce type de bâtiments la réflexion que le sien faisait autant partie de la dissuasion contre la guerre atomique qu’un sous-marin Polaris, en ce que sa mission était de rechercher les sous-marins susceptibles d’être hostiles, de pister les missiles sous-marins et aussi de trouver les sous-marins lance-engins ennemis.
Bien que la marine soviétique soit à l’heure présente la seule grande puissance navale à faire un large usage des missiles tactiques sous-marins, essentiellement sans doute à l’usage des porte-avions américains et anglais, c’est l’US Navy qui a eu la première idée de mettre au point ce que l’on connaît aujourd’hui sous le nom de missiles de croisière, essayés sur les sous-marins au cours des années 50.

Le premier de ces missiles fut le Regulus I, développement du V 1 de la guerre utilisé par les Allemands contre l’Angleterre en 1944-1945. Le Regulus a une vitesse subsonique et une portée de 500 milles. Quatre sous-marins diesel-électriques et le sous-marin nucléaire Halibut en ont été équipés et l’on comptait prochainement que ce Halibut et les sous-marins diesel-électriques Grayback et Growler allaient être armés du Regulus II, transsonique de 1 000 milles de portée. Mais la fabrication en fut annulée vers 1965, l’Halibut reprit ses fonctions de sous-marin d’attaque tandis que le Grayback était aménagé en transport de troupes sous-marin et que le Growler était désarmé.

Le développement de la force sous-marine atomique ne s’est réalisé qu’à grand prix. Les premières unités étaient extrêmement bruyantes par suite de l’absence d’un dispositif d’assourdissement aux pompes de leurs réacteurs, si bien que la France et la Grande-Bretagne, avec leurs sous-marins diesel-électriques beaucoup plus silencieux, bénéficièrent d’une situation privilégiée sur le marché de l’exportation. Bien que le dernier sous-marin de ce type construit pour la marine britannique remonte à 1967, des bâtiments de cette classe ont été construits pour l’Australie et le Chili en 1974-1975, et il en avait été livré précédemment à l’Australie, au Canada et au Brésil. La France a fourni des sous-marins à l’Afrique du Sud,. au Pakistan et au Portugal, tandis que l’Espagne en construit sous licence et plans français. En dehors des pays du pacte de Varsovie, la Russie a fourni des sous-marins diesel-électriques à l’Égypte, à l’Indonésie, à l’Inde et à l’Albanie mais les sous-marins destinés à ce dernier pays ont été saisis lorsque l’Albanie est sortie de l’orbite russe pour adopter la ligne chinoise du Communisme.