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Des traces d’occupation humaine sont attestées dès le néolithique sur le site de l’Acropole (voir Pélasges). Mais ce n’est que suite aux invasions ioniennes que l’Attique fut organisée en cités, parmi lesquelles Cécropia, la future Athènes.

Athènes fut fondée formellement vers 800 avant notre ère par le synœcisme de plusieurs villages, partiellement préservés par l’invasion des Doriens. Ce faisant, en tirant parti de la forteresse naturelle de l’Acropole, ils purent résister aux hordes de pillards qui terrorisaient la région. Le pluriel du mot Athènes, d’après Thucydide, est une trace des anciens villages qui fusionnèrent pour fonder la cité. Selon la légende, c’est le héros Thésée, terrasseur du Minotaure, qui dirigea cette unification de l’Attique.

Athènes était l’une des cités dominantes en Grèce au cours du Ier millénaire av. J.-C. Son âge d’or fut atteint sous Périclès, au Ve siècle av. J.-C., où sa domination était à la fois politique, financière (grâce aux mines d’argent du Laurion et au tribut), militaire et culturelle. C’est à cette époque qu’Athènes fut qualifiée de « capitale (ἄστυ [astu]) de la Grèce » (Isocrate). Rapidement, Athènes transforma la ligue de Délos en un véritable empire qui fut dissous à la fin de la guerre du Péloponnèse qui l’opposa à Sparte.

Le philosophe Aristote né en 384 av. J.-C. participa beaucoup à la vie intellectuelle d’Athènes notamment grâce à son livre Politique où il critiqua la démocratie athénienne.

La bataille de Chéronée remportée en 338 av. J.-C. par Philippe II fit entrer Athènes dans le nouvel empire macédonien. La cité, qui demeura le grand foyer de la civilisation grecque, bénéficia jusqu’au IIe siècle av. J.-C. de nouveaux aménagements et de travaux d’embellissement menés sous la houlette de Lycurgue. Après la mort d’Alexandre le Grand en 323 av. J.-C. et le découpage de l’empire macédonien, la ville, encore sous domination des rois de Macédoine, sombre dans l’oubli.

Conquise par le Romain Sylla, en 86 av. J.-C., Athènes perdit ses remparts et son rôle politique mais resta néanmoins un véritable phare intellectuel grâce à la pax romana qui s’instaura. Séduits par la culture et l’art de vivre athéniens, les Romains en copièrent les œuvres d’art et les mœurs et ne cessèrent d’embellir la ville : la Tour des Vents, le temple de Rome et d’Auguste sur l’Acropole, l’agora romaine, le théâtre de l’Odéon dans l’ancienne agora sont parmi les monuments édifiés à cette époque. Aux alentours de l’an 1, la ville comptait ainsi environ 300 000 habitants.

À partir de 53, les prêches de saint Paul devant l’Aréopage ne donnèrent qu’un faible écho au christianisme à Athènes ; il réussit cependant à convertir un membre du vénérable tribunal, Denys l’Aréopagite ou Dyonisius, et une femme Damaris (texte original Actes chapitre 17:33,34). Plus tard, l’empereur Hadrien (117-138), particulièrement attaché à la Grèce, continua les travaux d’urbanisme de ses prédécesseurs : la bibliothèque qui porte son nom, l’Olympion (temple de Zeus), un gigantesque stade en marbre situé au-delà de l’Ilissos, de nouvelles routes et des aqueducs furent construits sous son règne.