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Aussitôt connue la chute des Girondins, la province, dans un vaste mouvement de protestation, se dresse contre l’hégémonie croissante des Montagnards et de Paris. Les députés girondins qui ont pu s’échapper déclenchent dans de nombreux départements l’insurrection fédéraliste. L’assassinat de Marat par Charlotte Corday, influencée par des députés réfugiés à Caen, sera l’une des manifestations de ce mouvement.
Face à une situation intérieure de plus en plus houleuse et à une perpétuelle menace d’invasion, s’instaure peu à peu un gouvernement de type révolutionnaire, au sens le plus rigoureux du terme. Dès le 6 avril, au lendemain de la trahison de Dumouriez, a été constitué un comité de salut public de neuf membres, parmi lesquels Danton joue le rôle essentiel. On y trouve notamment Robert Lindet, Barère et Cambon. Élu en principe pour un mois, au sein de la Conven­tion, il sera reconduit en mai et juin. Cinq représentants, chargés d’aider à la prépara­tion de la Constitution, s’y ajoutent au mois de mai. Lors du renouvellement de juillet, Danton est éliminé. Peu à peu, au cours de l’été, se constitue le grand comité de l’an II. Robespierre, Carnot, Prieur de la Côte d’Or, Billaud-Varenne, Collot d’Herbois, Barère, Gasparin, Lindet, Couthon, Saint-Just et Jean Bon Saint-André le composent. Jus­qu’au 9-Thermidor, animé par une seule volonté, sauver la République, ce comité accomplit une tâche écrasante, le rétablisse­ment de la situation intérieure et extérieure. Tout-puissant tant que ses membres reste­ront unis, oubliant des dissensions parfois profondes, il sera perdu lorsqu’ils se dresse­ront les uns contre les autres.
Antérieur au Comité de salut public, le Comité de sûreté générale a été créé le 2 octobre 1792. Chargé de la police générale, de la surveillance des prisons, de l’arrestation des suspects, il créera en fait les conditions de l’exercice de la Terreur. Parmi ses membres, des révolutionnaires acharnés comme Vadier ou Amar, des modérés comme Bayle.

Devant les périls extérieurs, les défaites de Belgique, des sections ont demandé la création d’un tribunal d’exception. Danton appuie cette proposition et, le 10 mars, malgré les protestations des Girondins, est créé le Tribunal révolutionnaire. Son accusateur public, Fouquier-Tinville, ne tardera pas à acquérir une sinistre réputation. Le 21 mars, après la défaite de Neerwinden, sont décrétés les comités de surveillance. Chargés d’abord de la surveillance des étrangers, il le seront, le 17 septembre, de celle des suspects et joueront un rôle considérable dans le développement de la Terreur. Autres instruments du gouvernement révolutionnaire, les représentants en mission, dans les départements ou aux armées. Eux aussi — Saint-Just en est resté le symbole — accomplissent un travail considérable.
Vainqueurs des Girondins après les journées du 30 Mai et du 2 juin, les Montagnards s’appliquent d’abord à ne pas se laisser déborder par les sans-culottes et les sections, à ne pas s’aliéner la bourgeoisie favorable au mouvement révolutionnaire, à ne pas favoriser par des excès l’insurrection fédéraliste. Protégeant la propriété, la Montagne s’efforce aussi de donner satisfaction aux revendications paysannes, par les lois sur la vente des biens des émigrés ( 3 juin), le partage des biens communaux (10 juin) et la ruine définitive du régime féodal (17 juillet). Pour éloigner le spectre de la dictature et rassurer les départements, la Convention discute et vote rapidement la Constitution dite de 1793, le 24 juin. Préparée en particulier par Hérault de Séchelles, elle ne sera jamais appliquée.

Les périls cependant paraissent plus menaçants que jamais. La révolte fédéraliste, combattue pendant l’été, ne sera écrasée qu’à la fin de l’année, tandis que persiste l’insurrection vendéenne. L’invasion étrangère est plus menaçante que jamais : Anglais et Autrichiens menacent la frontière du nord, les Prussiens s’emparent de Mayence, sur le Rhin, les Piémontais se font pressants dans les Alpes, la Savoie est envahie. Au sud-ouest, les Espagnols franchissent les Pyrénées. Partout, mal commandées, mal organisées, découragées, indisciplinées, les troupes républicaines reculent. A l’intérieur, la crise des subsistances, des denrées de première nécessité, demeure la cause essentielle du mécontentement populaire, tandis que la crise de l’assignat, l’inflation, contribuent à la hausse des prix. Les Enragés de Jacques Roux utilisent cette situation contre la Convention, réclament des lois contre l’accaparement. La Convention se décidera à leur donner satisfaction le 26 juillet.
C’est donc en pleine période de crise que commence, au mois de juillet, le renouvellement du Comité de salut public. Peu à peu, sous l’influence de Robespierre, ce « imité va imposer ses vues à la Convention et aux Jacobins, mais son pouvoir restera fragile, soumis à la pression populaire. S’il veut donner une impulsion nouvelle à la défense des frontières, étroitement liée au succès du mouvement révolutionnaire, le comité n’entend pas se laisser déborder par les extrémistes, enragés ou modérés. Il doit cependant, sous la poussée populaire, accepter la levée en masse le 23 août, le cours forcé des assignats puis, après les journées populaires des 4 et 5 septembre, la création d’une armée révolutionnaire, le maximum des grains et des farines, et enfin le maximum général, le 29 septembre. Sous la pression des sans-culottes — « il faut mettre la Terreur à l’ordre du jour « — la Convention décrète aussi l’arrestation des suspects et l’épuration des comités de surveillance. Ainsi, tandis que s’organise peu à peu la concentration gouvernementale dont le Comité de salut public, investi de la prééminence sur les autres comités, devient le centre et le moteur, les revendications terroristes s’amplifient. On parle de nouveaux massacres, comme l’année précédente. La loi des suspects, votée le 17 septembre, inaugure véritablement le règne de la Terreur. Elle permet au Tribunal révolutionnaire, dont Fouquier-Tinville reste l’accusateur public, mais que préside Hermann, tout dévoué à Robespierre, d’envoyer à la guillotine des centaines de suspects : la reine, Manon Roland, Bailly, le duc d’Orléans, Madame du Barry, Custine, Barnave, périront à ce moment. En quelques mois, jusqu’au 9-Thermidor, le nombre des condamnations prononcées par le Tribunal atteindra environ 2 600. La Terreur, sous l’impulsion des représentants en mission, gagne aussi la province, la guillotine s’installe sur les places. Fusillades de Lyon, où l’insurrection fédéraliste est écrasée et noyée dans le sang, noyades de Nantes, font des centaines de victimes. Le zèle excessif de certains représentants en mission, comme Carrier, Barras ou Fréron, n’est pas apprécié de Robespierre qui fera ordonner leur rappel.
Autre manifestation de la poussée populaire, la déchristianisation et le culte des martyrs de la liberté. Après la renonciation au culte catholique et la célébration à Notre-Dame de Paris d’une fête de la Liberté, le 10 novembre, la Commune décide le 23 novembre la fermeture des églises. Le mouvement sera enrayé au mois de décembre, Robespierre percevant les dangers d’une déchristianisation à laquelle il est, de plus, personnellement hostile.

Renforçant cependant son autorité, le Comité de salut public se débarrasse des Enragés — Jacques Roux, arrêté le 5 septembre, se suicidera en prison — puis impose sa volonté à la Convention qui, le 10 octobre, déclare le gouvernement « Révolutionnaire jusqu’à la paix ». Le décret du 4 décembre constitue le gouvernement révolutionnaire, rétablit la centralisation. Pour s’imposer, ce gouvernement doit arrêter le recul des armées aux frontières, chasser l’ennemi. Carnot, Lindet, Prieur de la Côte d’Or, suivis des autres membres du Comité, sont les grands animateurs, avec Saint-Just, du redressement de l’armée. On sollicite les savants, on organise les fabrications de guerre puis, au mois de décembre, l’exploitation révolutionnaire du salpêtre. Aux armées, les représentants en mission organisent le ravitaillement, épurent le commandement, rétablissent la discipline. Dès l’automne, les premières victoires marquent le succès de cet énorme effort.
Lyon est reprise par les troupes républicaines, puis Toulon, tandis que la Vendée est écrasée. Sur les frontières, Dunkerque est libérée, Houchard remporte la victoire de Hondschoote, puis c’est la libération de Maubeuge, celle de Landau. A la fin de l’année, l’invasion recule partout.
L’unité de la Montagne, cependant, n’existe plus en cette fin d’année 1793. Deux affaires, la conspiration de l’étranger, et l’affaire de la Compagnie des Indes, l’ont ruinée, révélant la corruption de certains membres de la Convention, leur collusion avec des étrangers ou des hommes d’affaires. Le Comité de salut public, d’autre part, doit faire face à une double opposition : celle des modérés qui, comme Danton, veulent mettre un terme à la Terreur, et celle des Hébertistes qui veulent au contraire l’accentuer. Le problème des subsistances et du ravitaillement demeure, le mécontentement populaire s’exaspère. Après le vote de secours, puis un nouveau maximum général, le 21 février, les décrets de ventôse ont pour but d’apaiser les sans-culottes. Saint-Just, leur instigateur, fait décréter le séquestre des biens des suspects et prévoit l’indemnisation des patriotes indigents. Malgré les intentions du rapporteur, ces mesures, longues à appliquer, ne satisfont pas les patriotes, dont le mécontentement, exploité par les Exagérés, persiste. Robespierre s’en prend alors aux factions. Hébert et ses amis sont les premiers touchés, le 24 mars, puis Danton et les Indulgents, le 5 avril.

Soutenu par Saint-Just et Couthon, l’Incorruptible, à la tête du Comité de salut public, semble pouvoir imposer ses vues, la dictature du gouvernement révolutionnaire n’est plus contestée. Il entreprend de canaliser le mouvement populaire : l’armée révolutionnaire est licenciée le 27 mars, les commissaires aux accaparements supprimés le lei avril, la Commune épurée, les sociétés populaires dissoutes. En procédant ainsi, le Comité de salut public s’isole de la base, perd peu à peu sa confiance, son appui, on le verra au 9-Thermidor. Si la Convention demeure « le centre unique de l’impulsion du gouvernement e, elle est ; en fait, de plus en plus subordonnée au pouvoir exécutif, aux comités de gouvernement. Un homme symbolise la force de ce pouvoir exécutif, c’est Robespierre. Débarrassé des Hébertistes et des Indulgents, il semble tout puissant.
Au lendemain de la liquidation des factions, la centralisation de la Terreur est renforcée, les terroristes notoires rappelés. Le décret du 16 avril établit que tous les accusés seront jugés à Paris. La loi du 22 prairial (10 juin), inaugure ce qu’on appellera la Grande Terreur. Loi de circonstance, votée contre la persistance du complot aristocratique et des menées de l’étranger, elle retire toute garantie aux accusés traduits devant le Tribunal révolutionnaire, tandis que la notion d’ennemis de la République est élargie. Les prétendues conspirations des prisons permettent d’envoyer à la guillotine — car le tribunal n’a le choix qu’entre la mort et l’acquittement — de véritables fournées de condamnés. Du 22 prairial au 9-Thermidor, 1 376 personnes seront guillotinées.

Deux jours avant le vote de cette loi a été célébrée la fête de l’Être Suprême. Robespierre, très influencé par Rousseau, et ennemi de l’athéisme, a souhaité créer une nouvelle religion, celle de l’Être Suprême. La célébration grandiose de cette fête peut lui apparaître comme son triomphe. Mais, d’une part, elle ne rencontre que peu d’échos parmi la population, venue surtout par curiosité, et, d’autre part, elle contribue à cristalliser l’hostilité de ceux qui, à la Convention ou dans les comités, sont las de l’autorité et de la toute-puissance de l’Incorruptible. Certains estiment, avec une partie grandissante de l’opinion, que le renforcement de la Terreur n’est plus justifié, puisque les victoires ont succédé aux défaites. D’autres, comme Carnot, sont jaloux de l’autorité de Robespierre, d’autres enfin la craignent, redoutent les effets de la vertu prônée par Maximilien. Regroupés autour de Tallien, Barras, Fréron et Vadier, chef du Comité de sûreté générale, qui ne pardonne pas à Robespierre d’avoir placé le Comité de salut public au premier rang et a vainement tenté de le compromettre par l’affaire Catherine Théot, les mécontents, avec l’aide du Marais, l’emportent à la Convention sur Robespierre et ses amis, le 9-Thermidor. Dès le lendemain, l’Incorruptible et un certain nombre de ses partisans sont guillotinés.
La Terreur s’achève et, avec la Convention thermidorienne, s’ouvre une nouvelle période de la Révolution.