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Le président Lebrun fit alors appel au maréchal pour former un gouvernement dans lequel l’amiral de la flotte Darlan devint ministre de la Marine, tout en continuant d’assumer les fonctions de commandant en chef des forces navales. Darlan était un ambitieux, un excellent marin, qui avait fait beaucoup, au cours de sa carrière, pour porter la marine française à un haut degré d’efficacité. Par son ascendance, il était familier avec le monde de la politique. Son allégeance au maréchal dans la crise traversée par la France explique le sort tragique de la flotte placée sous son seul commandement militaire et politique. De nombreux bâtiments français, tout en étant très modernes, n’étaient pas équipés de radars ni de sonars. Les équipages avaient fait leurs preuves dans la campagne de Norvège, dans l’escorte des convois et la pose des mines, et à Dunkerque, où les pertes parmi les petits bâtiments avaient été considérables. Malgré ces pertes, la marine, contrairement à l’armée, ne s’était pas désagrégée.

A mesure que les Allemands avançaient le long des côtes, les autorités navales françaises, dont le réseau de télécommunications était resté intact, réussirent à évacuer des ports de la Manche et de l’Atlantique tous les navires, marchands ou militaires, en état de prendre la mer. Quelques-uns gagnèrent l’Angleterre, mais la plupart rejoignirent l’Afrique du Nord ou l’Afrique-Occidentale française.

Ainsi, quand le maréchal Pétain demanda l’armistice, le 17 juin, deux vieux cuirassés, huit torpilleurs et deux cents autres navires de guerre se trouvaient à Portsmouth ou à Plymouth. Deux croiseurs de combat modernes, six destroyers, deux vieux cuirassés et un porte-avions étaient à Mers el-Kébir, base navale située près d’Oran. Un cuirassé, quatre croiseurs et trois torpilleurs étaient ancrés à Alexandrie où ils avaient coopéré avec l’escadre de la Méditerranée orientale de l’amiral Cunningham. On comptait, àAlger, six croiseurs et Bizerte abritait de nombreux sous-marins.
Le nouveau cuirassé Richelieu, qui était en train de faire ses essais, partit de Brest le 18 juin pour Dakar, tandis que son « sister-ship », le Jean-Bart, qui n’était pas encore terminé, put quitter sa cale sèche de Saint-Nazaire, la veille de l’arrivée des Allemands, et rejoindre Casablanca sain et sauf. Le reste, de petits bâtiments en général, demeura à Toulon. Les navires stationnés dans les colonies lointaines n’avaient qu’un faible potentiel militaire.

Au cours des diverses réunions entre ministres français et britanniques tenues depuis le 12 juin, Darlan avait pris l’engagement solennel qu’aucun bâtiment de guerre français ne tomberait intact dans les mains des Allemands, et le gouvernement français avait affirmé catégoriquement que si les conditions d’armistice comportaient la reddition de la flotte, elles seraient rejetées, quelles qu’en fussent les conséquences. Le 21 juin, la délégation française eut communication des conditions allemandes. L’article 8 stipulait que la flotte française, à l’exception des bâtiments nécessaires pour la défense des colonies, serait rassemblée dans des ports à désigner en principe les ports d’attache normaux des navires en temps de paix — et désarmée sous contrôle allemand et italien. Le gouvernement allemand prenait l’engagement solennel de ne pas se servir de la flotte française pour ses propres fins, à l’exception des bâtiments nécessaires à la défense des côtes et au dragage des mines, et à ne pas la revendiquer à la conclusion de la paix. Deux articles interdisaient de faire sortir de France tout navire ou avion, et aucun navire marchand n’était autorisé à prendre la mer jusqu’à nouvel ordre.

En apprenant ces conditions, l’ambassadeur de Grande-Bretagne à Bordeaux, sir Ronald Campbell, les communiqua aussitôt à Londres. Il ignorait évidemment que le maréchal avait immédiatement donné l’ordre à la délégation française d’essayer d’obtenir des amendements, surtout à l’article 8, aux termes desquels les bâtiments français seraient autorisés à être désarmés dans les ports français d’Afrique du Nord ou occidentale.
Le principe de cette importante concession fut approuvé le 22 juin au matin, à l’heure même où Churchill attaquait violemment, à a B.B.C., le gouvernement Pétain pour avoir accepté des conditions qui « placeraient non seulement la France, mais l’Empire français à la merci et au pouvoir des dictateurs allemand et italien », et grâce auxquelles « toutes les ressources de l’Empire français et de la marine française allaient passer sans délai dans les mains de l’ennemi, pour la réalisation de ses projets ».
Heureusement, ces sombres prédictions ne se réalisèrent pas.
Mais tout contact avait, hélas ! déjà cessé entre Londres et le nouveau gouvernement français. Le 23, sir Ronald Campbell et tout le personnel de l’ambassade avaient quitté Bordeaux pour Saint-Jean-de-Luz, où ils s’embarquèrent sur un croiseur britannique pour l’Angleterre. Au moment même où Londres avait le plus besoin d’être informé avec exactitude, les communications avec Bordeaux devenaient sporadiques et sujettes à caution.

Au soir du 22, les Allemands, ayant admis, en principe, les modifications aux clauses relatives à la flotte, la délégation française reçut du maréchal l’autorisation de signer. Elle s’envola aussitôt pour Rome, où elle obtint le consentement des Italiens deux jours après. Les conditions furent finalement ratifiées, le 30 juin, à Wiesbaden, où l’Allemagne accepta formellement la proposition française de désarmer les bâtiments français dans les bases navales situées hors de portée des forces allemandes.