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L’opération de Mers el-Kébir, le 3 juillet, avait été calculée pour coïncider avec la saisie des navires de guerre français dans les ports britanniques. A 15 h 40, ce même jour, des détachements de marins britanniques armés abordèrent silencieusement les bâtiments ancrés à Portsmouth et à Plymouth. L’opération avait été préparée soigneusement pour obtenir l’effet de surprise : elle fut un succès si l’on excepte l’incident survenu sur le grand sous-marin Surcouf, ancré à Plymouth, où deux officiers britanniques furent blessés et où un officier français fut tué. Les officiers et matelots des bâtiments français furent internés dans des camps séparés dans l’île de Man et près de Liverpool, où on les traita pratiquement en prisonniers de guerre.
Seul, un petit nombre se joignit aux Forces françaises libres. La majorité finit par être rapatriée à Casablanca par des navires anglais.A Casablanca, le cuirassé Jean-Bart, inachevé, n’avait pas son armement principal ainsi ne fut-il pas attaqué. Mais à Dakar,son sister-ship », le Richelieu, disposait en revanche de tout son armement. Le 7 juiller une division, composée du petit porte-avions Hermes et de deux destroyers, sous commandement du capitaine de vaisseau Onslow, se présenta devant le port, et le gouverneur général Boisson reçut le même ultimatum que celui d’Oran. Il fut rejeté. Une chaloupe à moteur de l’Hermes entra alors dans le port et lâcha quatre mines sous la proue du Richelieu. Par suite de la faible profondeur de l’eau, elles n’explosèrent pas. Le lendemain, à l’aube, six avions torpilleurs attaquèrent le cuirassé : la seule torpille qui explosa endommagea sa coque. Il fallut d’un an pour le réparer, du fait de l’insuffisance des ressources locales.

A Alexandrie, l’escadre française de l’amiral Godfroy, consistant en un vieux cuirassé, quatre croiseurs, trois destroyers, formait partie intégrante de la flotte de la Méditerranée orientale de l’amiral Cunningham. Les navires des deux nations avaient bien travaillé ensemble et les relations entre les deux amiraux étaient étroites et cordiales.
Cunningham s’éleva avec force contre la suggestion de l’Amirauté du 29 juin, visant à s’emparer des navires français le 3 juillet, simultanément avec l’opération de Mers el-Kébir. Il craignait que toute tentative de recours à la force n’entraînât le risque de couler à leurs postes de mouillage les navires qui obstrueraient ainsi l’entrée du port. Il réussit à s’entendre avec Godfroy pour que ses bateaux déchargent leur mazout et réduisent leurs équipages. Mais le 3 juillet, Godfroy reçut l’ordre de son Amirauté de prendre la mer immédiatement et, apprenant l’affaire de Mers el-Kébir, il ne se sentit plus lié par son accord avec Cunningham.
L’amiral anglais agit avec tact et fermeté ; des officiers britanniques intervinrent directement auprès des officiers et des membres d’équipage français. Finalement, par un accord écrit signé le 7, les Britanniques s’engageaient à ne pas recourir à la force et les Français à décharger leur combustible et à désarmer en mettant à terre les mécanismes de mise à feu de leurs canons et de leurs tubes lance-torpilles.
En prenant la décision de recourir à la force, le cabinet de guerre britannique courait le risque de pousser Vichy à se joindre à l’Axe. Mais même s’il avait été au courant tant des concessions de Hitler concernant la flotte que des mesures de Darlan pour empêcher la saisie de ses bateaux par les Allemands, il aurait pris les mêmes mesures. En effet, Churchill n’avait-il pas écrit : « Quel homme en possession de toutes ses facultés se fierait à la parole de Hitler, connaissant son passé et son comportement actuel ? »
Toutefois, le sort de la flotte française dépendait encore de Darlan et non de Hitler. En outre, une fois l’armistice signé, la France était menacée des pires représailles si elle contrevenait aux clauses navales relativement modérées.
Cunningham avait montré, à Alexandrie, ce que l’on pouvait obtenir sans effusion de sang. Les conditions pour un tel arrangement était plus malaisées à Oran, mais puisque l’amiral Gensoul était sur le point de désarmer son escadre quand il reçut l’ultimatum britannique, un peu de patience et de diplomatie aurait pu obtenir le résultat souhaité sans le recours à la violence. Les Allemands étaient de l’autre côté de la Méditerranée, et même s’ils avaient pu s’emparer des navires, les équipages français auraient refusé de servir. Des mois d’entraînement n’auraient pas suffi aux équipages allemands pour armer ces bâtiments étrangers.
Il n’est donc pas surprenant que Mers el-Kébir ait provoqué en France des sentiments d’amertume. Le gouvernement de Vichy contrôlait encore un croiseur de bataille, quatre croiseurs armés de canons de 200 mm et six de 150 mm, trente destroyers et soixante-dix sous-marins. Il y avait en Afrique environ 180 bombardiers et 450 avions de chasse. Si ces forces s’étaient jointes à celles de l’Axe, en Méditerranée, elles y auraient rendu intenable la position de la Grande-Bretagne. Mais la France était battue et désorganisée. Ses seules représailles pour l’affaire d’Oran furent un bombardement, inefficace d’ailleurs, de la force H à Gibraltar par l’aéronavale française, aux premières heures du 5 juillet. Darlan, sagement, s’abstint de tout autre acte hostile et donna l’ordre de n’attaquer les navires britanniques que s’ils approchaient à moins de 20 milles des côtes françaises. Les relations diplomatiques avec le Royaume-Uni furent rompues le 5 juillet.

Une des conséquences immédiates de Mers el-Kébir fut que les Allemands permirent aux bâtiments français de rester complètement armés. Ceux qui étaient en Afrique du Nord furent rappelés à Toulon, où ils étaient plus à l’abri d’une attaque britannique éventuelle, mais aussi, plus à portée du contrôle allemand.
Enfin, l’épisode de Mers el-Kébir a créé un profond sentiment d’animosité dans toute la marine française et favorisé l’action de propagande des collaborateurs. En revanche, le monde fut convaincu de la détermination de la Grande-Bretagne de continuer à se battre, coûte que coûte.